le icone che dici le modifichi come 3rd party icons, devi aggiungere gli uid e i nomi delle applicazioni alla lista delle icone di terze parti del programma che usi:
se theme studio: file-> 3rd party icons
se carbide.ui: window->carbide.ui->3rd party icons
PS: molto bello lo sfondo, a che punto sei?

PPS: sposto nella sezione software